Sidonia inicia o seu plano de investida contra a Nave Mass Union Grande, e o primeiro objetivo é tomar controle do Planeta Nine, que fica no ponto médio entre os dois. Porém, a tropa inicial de reconhecimento, que contava com participação de Izana, é abatida pelos Gaunas escondidos no planeta! Agora, Nagate e Tsumugi se juntam para resgatar os sobreviventes da tropa, principalmente Izana! No entanto, os Gaunas agem como se soubessem que esses dois viriam, e quem se posta no caminho deles é o arqui-inimigo Benisuzume!